Im Lübecker Bahnbetriebswerk waren nun häufiger Reichsbahn-Dieselloks der Baureihen 132, 110, 118, 119 und gelegentlich sogar die 4.000 PS starken Stralsunder 142 zu sehen. Im März und April des Jahres 1990 wurden dann Lübecker Lokführer für das Befahren von Reichsbahnstrecken geschult. Mit Beginn des Sommerfahrplanes 1990 fuhren Lübecker Maschinen und Personale nach Bad Kleinen, Schwerin und Hagenow-Land. Im Winterfahrplan 1990/91 kam dann das Dresdner Zugpaar D 438/439 zwischen Hamburg Hbf und Wittenberge hinzu. Diese Leistung ging später allerdings wieder verloren, dafür bespannte das Bw Lübeck ab Sommer 1993 ein Eilzugpaar nach Rostock. Im Gegenzug erhielten die Reichsbahn-Bw Schwerin, Rostock, Wismar, Hagenow und Wittenberge Leistungen auf den Strecken Hamburg – Lübeck, Lüneburg – Büchen und Lüneburg – Lübeck – Kiel Hbf sowie nach Maschen Rangierbahnhof.

»Ludmilla« nicht recht beliebt

Bedingt durch die Elektrifizierungsvorhaben in Schleswig-Holstein zwischen Hamburg-Altona und Kiel sowie zwischen Neumünster und Flensburg ergaben sich zu jedem Planwechsel Lokverschiebungen vom Bw Flensburg zum Bw Lübeck. Dies deutete auf eine Schließung des Bw Flensburg nach abgeschlossener Elektrifizierung hin. Durch Übernahme von Personalen aus der Rbd Schwerin war das Bw Lübeck in der Lage, alle Loks der Baureihe 218 aus Flensburg zu übernehmen.

Bedingt durch erheblichen Mehrverkehr auf der Vogelfluglinie nach Puttgarden und in die neuen Bundesländer kamen immer mehr Lokomotiven der Baureihen 232 und 234 (ex DR 132) zum Einsatz. Trotz umfangreicher Ausbildung auf diesen leistungsstarken Maschinen fiel es den Lübecker Lokführern nicht leicht, sich mit den für sie fremd­artigen Maschinen, hergestellt in der fernen Sowjetunion, anzufreunden.

In den letzten Jahren erhielt das Bw Lübeck immer wieder Leihlokomotiven aus dem süd- oder westdeutschen Raum. So kam 1989 die 218 218, der Prototyp für die Farbgebung »ozeanblau-beige«, vom Bw Regensburg. 1992 beheimatete Lübeck die 218 137 vom Bw Hagen. Die Lok lief einen Sommer lang in Lübeck und wurde wegen ihrer orange-kieselgrauen Farbgebung von den Eisenbahnern »Kanarienvogel« genannt. Zum Fahrplanwechsel im Sommer 1994 kamen die 218 282 bis 286 von Haltingen nach Lübeck. Die 218 286 hatte ebenfalls als Prototyp für eine neue Farbgebung gedient. Zusätzlich zum weißen Lätzchen an den Stirnfronten besaß die Lok an beiden Seiten ein weißes Parallelogramm mit dem DB-Logo und der Loknummer.

Weitere bemerkenswerte Sonderlinge in Lübeck waren die dieselelektrische DE 2000 von Krupp/ AEG und die sechsachsige V 300 001 von Krauss-Maffei. Erstere kam 1967 vom Bw Hamm und ging 1969 an die Westfälische Landeseisenbahn. Ab 1968 lief die von den Eisenbahnern »Jumbo-Jet« genannte V 300 001 in Lübeck und bespannte im Wechsel mit der DE 2000 häufig VW-Züge von Wolfsburg zum Lübecker Hafen. Die Maschine wurde 1969/70 an das Bw Hamburg-Altona abgegeben.

Ab Dezember 2008 rein elektrisch

Nach Bildung der Deutschen Bahn AG hörte das Bw Lübeck auf zu bestehen. Die Bahnbetriebswerke wurden nun in Betriebshöfe und Werke aufgeteilt. Dabei entstand der Betriebshof Hamburg Hbf neu, dem auch die Lübecker Lokpersonale zugeteilt wurden. Die B-Gruppe, die den Lok- und Personaleinsatz disponiert, blieb jedoch vorläufig in Lübeck. Die Anschrift an den Triebfahrzeugen lautete nun »GB Traktion Hamburg Hbf«. Alle Triebfahrzeuge gehörten zum Geschäftsbereich Traktion und wurden vom Werk Lübeck unterhalten und abgerechnet. Nach der »Langfristigen Werke-Ordnung« (LWO) sollten in Lübeck für V-Loks zunächst noch ein Betriebshof und ein Werk der Kategorie A (Fahrzeugwerk für Reparaturen und Fristen) erhalten bleiben.

Im Mai 1998 war schon wieder alles ganz anders: Der Neubau eines Werkes in Hamburg war wieder passé, nun wurde der Geschäftsbereich Traktion aufgelöst und die Lokführer und ihre Maschinen kamen an die »Regionalbahn Schleswig-Holstein«, die auch das Werk Lübeck übernahm. Ab diesem Zeitpunkt stand das auch so an den Lokomotiven angeschrieben: »DB Regio Schleswig-Holstein Lübeck«.

Das Werk Lübeck stellte ab Mai 2004 auch die Lokomotiven für DB Regio Niedersachsen/Bremen. Die Loks hätten regulär in Braunschweig unterhalten werden müssen, was jedoch zu weit entfernt war.

Fallweise wurden im Werk Lübeck auch schon Elektroloks (110, 112, 141 und 143) repariert. Die Schlosser hatten dazu im Werk Braunschweig eine Einweisung erhalten. In der Regel betraf das den Tausch von Drehgestellen und Transformatoren. Die Maschinen wurden als Schlussläufer an Zügen von Kiel nach Lübeck geschleppt und gingen auch so wieder zurück. Es betraf allerdings stets nur Lokomotiven der Regionalbahn Schleswig-Holstein in Kiel.